3.1 นักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาทุกชั้นปี ชำระค่าธรรมเนียมการศึกษาในอัตราเต็มจำนวน ดังนี้
| คณะ | ชั้นปริญญาโท | ชั้นปริญญาเอก |
| - คณะศึกษาศาสตร์ | 27,000 บาท | 44,000 บาท |
| - คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ | 27,000 บาท | 27,000 บาท |
| - คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี | 28,000 บาท | 28,000 บาท |
| - คณะวิทยาการอิสลาม | 27,000 บาท | 27,000 บาท |
3.2 วิธีการชำระค่าธรรมเนียมการศึกษา
ขั้นตอนที่ 1 เข้าระบบ https://sis.pn.psu.ac.th
ขั้นตอนที่ 2 เข้าระบบโดยใช้ PSU Passport
ขั้นตอนที่ 3 เลือกเมนู "บริการด้านการเงิน"
ขั้นตอนที่ 4 เลือกเมนู "Payment (ชำระเงิน)"
เลือกวิธีชำระวิธีใดวิธีหนึ่ง