2.1 นักศึกษาชั้นปีที่ 2 ขึ้นไปต้องชำระค่าธรรมเนียมการศึกษาในอัตราเต็มจำนวนจึงจะสามารถลงทะเบียนเรียนรายวิชาได้ ตามอัตราค่าธรรมเนียมการศึกษา ดังนี้

คณะ	ทั้งหมด (อัตราเต็ม)
- คณะศึกษาศาสตร์	16,000 บาท
- คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์	16,000 บาท
- คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี	18,000 บาท
- คณะวิทยาการอิสลาม	16,000 บาท
- คณะศิลปกรรมศาสตร์	16,000 บาท
- คณะวิทยาการสื่อสาร	18,000 บาท
- คณะรัฐศาสตร์	16,000 บาท
- คณะพยาบาลศาสตร์ วิทยาเขตปัตตานี	22,000 บาท

2.2 นักศึกษากู้ยืมเงินเพื่อการศึกษา (กยศ.) จะมีข้อมูลการผ่อนผันค่าธรรมเนียมการศึกษา สามารถลงทะเบียนเรียนได้โดยไม่ต้องชำระค่าธรรมเนียมการศึกษา

2.3 นักศึกษาชั้นปีที่ 2 ขึ้นไปที่ไม่เคยกู้ยืมเงิน กยศ. หากประสงค์จะกู้ยืม กยศ. ขอให้นักศึกษาดำเนินการขอกู้ยืมเงิน กยศ. ตามช่วงเวลาและวิธีการที่กองทุนฯ กำหนด ดูรายละเอียดและติดตามข่าวสารจากกองทุน กยศ. ม.อ.ปัตตานีได้ที่ https://www.facebook.com/DSL.PSU.PATTANI และสามารถชำระค่าธรรมเนียมการศึกษาอัตรา 25% ก่อนการลงทะเบียน หากดำเนินการกู้ยืมเงินส่วนของค่าธรรมเนียมการศึกษาสมบูรณ์ วิทยาเขตจะทำการคืนเงินในส่วนของ 25% คืนให้นักศึกษา

2.4 นักศึกษาที่ได้รับทุนการศึกษาจะมีข้อมูลการผ่อนผันค่าธรรมเนียมการศึกษา สามารถลงทะเบียนเรียนได้โดยไม่ต้องชำระค่าธรรมเนียมการศึกษา ยกเว้นทุนการศึกษาที่ไม่เต็มจำนวนต้องชำระก่อนตามสัดส่วนที่คณะกำหนด